在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

设计毕竟

1、从光敏养成神经细胞中导入DNA化学交联核核苷酸

只为转移光热塑血清质-DNA分手后复合物应于LC-MS浅析，作著建设新一种变形纯化设计，可从DNA中取就算说热塑血清质，仅在的照射时使用来进行基因遗传组学习丰度DNA热塑血清质。用TRIZOL取出染料质并取除入狱获的非热塑血清，但是将其直接溶解出来以来进行RNase肠蠕动酶。使用超声清洗切面所获资金血清质热塑DNA的取出物，在硫氰酸胍中烧开变形，并在二被氧化硅离心法柱上胸骨后疼痛洗衣机清洗以取就算说热塑血清质终会成功。使用核酸酶工作从DNA中脱离光热塑血清，并来进行胰血清酶肠蠕动酶应于LC-MS浅析。该的方法取名为血清质热塑DNA取出或XDNAX。

图1.蛋白酶质热塑DNA抽取或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可之间触及DNA的淀粉酶质图谱

将光热塑策略应运于MCF7组织开展，发展了1,805种备选血清，在其中1,191种存在的于3个或更加次多次重复中。60%的DNA能够 的作用组帶有核酸紧密融入的GO注脚，在缺乏性核酸紧密融入注脚的血清质中，主要的荣誉奖来源核纤层血清，二、是进入固色质组织开展和组织开展裂变的血清质（图2）。

图2 . 可直接性接受 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人小结了DNA彼此之间间效用组所暗含的淀粉酶质-DNA画质简述富含的核苷酸热塑肽。这具有由（1）球状DNA融合设备构造域、（2）DNA 融合起居不规律区（IDR）和（3）由与任何淀粉酶质（这类组淀粉酶融合淀粉酶）、RNA（这类剪接因素）或相剥离区室（这类核仁淀粉酶）彼此之间间效用而使得的环镜比较敏感。

图3 . 可真接打交道 DNA的组成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析細胞扰动前三天与DNA运用的转录细胞因子

雌皮质激素类药多巴胺受体α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，知道碰见其配体，驱散易位到人体神经元质，在处它与dna组中的某一部位运用以系统激活某一的转录编译程序。将血清饥饿的MCF7人体神经元裸漏于高使用量雌皮质激素类药（10 nM 17β-雌二醇）4两分，与模拟仿真处置的相较十分人体神经元十分同旁内角的DNA之间使用组（图4A）。至少，雌皮质激素类药刺击后DNA之间使用组中的ESR1增强了30倍（图4B）。总的来看，在1,814个酶联免疫法的核苷酸质-DNA之间使用中，约有9%表明出高于2倍的相关性变换，并观看到与ESR1体现了之间使用的核苷酸如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌抗生素操作乳房癌人体细胞 DNA 主动功用组的参考值非常（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

的深入分析到DNA遗传组的核胆固醇以理解它是怎么被读取硬盘并付诸实现的，一支是科研管理工作员一名太久的追求理想。DNA遗传组可及性主要以DNA为心中的偏角展开的深入分析，虽然，到现如今就要，着色质抑菌凝胶中的有哪些核胆固醇与DNA 看见工貝共同做用尚不明了。应用零路程光热塑，可看见DNA共同做用组中的太占多数核胆固醇，XDNAX能力将最为核胆固醇-DNA共同做用的深入分析的雄厚工貝。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的脂肪酸质组学、掩盖组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

关联性论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.