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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设备最易见的消化道疾病之三。肾组织性中CaOx单晶体过呈现饱和状态沉积物会造成 肾小管受损细胞断裂和凋亡,然而造成 肾结石的型成。短链皮脂酸由肠内内活性污泥杆菌发哮饮食玻璃纤维存在,不但在布局肠内防御设备中推动功用,并且在设备水平面上也推动核心功用。这里面,丁酸是最很多的短链皮脂酸,存在免疫检测控制和免疫检测控制功用,本的研究研究综述丁酸对CaOx肾结石的功用以及其暗藏靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山大医院泌尿普外吴忠院士、周子健博士生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠专家、周子健教授在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱海洋生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网药学学服务性,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

一篇文章种类:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 投资者单位名称:华山大医院 的研究关键字:大鼠、HK-2细胞系 组群新信息:对应组(Con)、建模方法组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给出高技术:网格临床药理学检则

想法步骤图

研究分析没想到

设计人工要倡导大鼠类别,完成女性生理什么是生化指標和公司病理学学固色等设计方式看到丁酸是可以才能减少CaOx类别大鼠肾CaOx尖晶石的行成和挤压伤,可以改善CaOx类别大鼠的细菌感染挤压伤和防硫化产品的无限描述。虽然,丁酸还有抑制作用草酸诱导性的HK-2神经元核挤压伤、防硫化应激状态和神经元核凋亡。 为研究方案丁酸成分和靶遗传DNA在线,研究方案成员从PubChem修改丁酸和丁酸酯的二维和三维立体成分(图1A)。利用PharmMapper大数据报告表格库和Uniprot大数据报告表格库处理后共选择出113个丁酸靶遗传DNA供加强组织领导一个脚印分享。将遗传DNA文件列表使用STRING大数据报告表格库,做PPI在线分享。Cytoscape得到了去重复的前20的联络线靶遗传DNA的详细概述在线图,相应CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。那些联络线遗传DNA与在线中的任何遗传DNA均行为出千万的涉及联性,介绍那些遗传DNA将树立着信息化用处。GO和KEGG分享折射出了丁酸联络线遗传DNA的涉及联经由和微生物工程学功效(图1C)。联络线遗传DNA大部分的与类固醇荷尔蒙对答、脱色应激不起反应状态对答、可溶性氧氧受损细胞对类固醇荷尔蒙热血的发生不起反应迟钝相应对强酸微生物类物质的发生不起反应迟钝管于。综合上面的阐明,那些联络线遗传DNA大部分的参与进来了脱色应激不起反应状态和对可溶性氧氧的微生物工程发生不起反应迟钝流程,是肾结石形成了长效机制中至关首要的经由,这证实丁酸将在肾结石中树立首要用处。

图1| 丁酸结构的与靶什么是基因电脑网络浅析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进两步深入研发丁酸对CaOx肾结石事实上切靶dna组组,研发人采用GEO数据源文件库对GSE73680中营养比与CaOx肾结石人的dna组组差异化实行了研发。比组与CaOx结石人的特殊力差异化抒发dna组组(DEGs)肿瘤筛查标准规定为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个dna组组有特殊波动,这之中3379个(89.4%)dna组组抒发上涨,404个(10.6%)dna组组抒发再降(图2A)。对DEGs实行聚类分析算法分析一下,热图表现了前10个被选中DEGs的二维层次聚类分析算法显著特点(图2B)。最后,研发人实现GeneCards数据源文件库人工服务鉴定费了370个或者与CaOx肾结石有关系的dna组组,排名就前20位的預測dna组组还有有关系性评定图甲2C如下。为寻得丁酸控制CaOx肾结石的至关重要靶点,研发人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关系dna组组做好处理实现一堆个Venn图。最终能够,CYP2C9被判断为丁酸危害CaOx肾结石的潜在的靶点(图2D)。再者,研发人还实行了丁酸与CYP2C9的团伙交接,CYP2C9的这几个碳水化合物残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸主动用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利用数据网络临床药理学分折CYP2C9是丁酸的影响CaOx肾结石的靶染色体后,探析职工还确认体细胞膜实验所断定了CYP2C9可调低草酸诱惑的HK-2体细胞膜的ROS横向、细菌感染直接损伤和凋亡。

图2| 多半据库联合技术研究分析分折CYP2C9是丁酸效用于CaOx肾结石的靶人类基因

研究分析效果

本研究探讨要看见丁酸在离体和里面均能控制CaOx肾结石绘图的被钝化应激性状态和疾病板材损害,其次按照手机网络上药剂学学学建立得见丁酸影响到CaOx肾结石的未知靶点——CYP2C9,最后的按照组织细胞系工作否认CYP2C9在草酸盐诱发的HK-2组织细胞系ROS情况、疾病板材损害和凋亡。这样看见体现了丁酸机会按照控制CYP2C9来控制CaOx肾结石的被钝化应激性状态,缓解疾病板材损害。这步骤中拜谱海洋生态学提供了了手机网络上药剂学学学技术工艺性工作,虽然拜谱海洋生态学可从而提高成孰更加完善的基因遗传组学、血清质组学、排泄组学等几组学品牌及技术工艺性工作,认可详询咨询服务! 对比期刊论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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